Csillagflotta Parancsnoksága: Földön, San Fransiscoban található. Innen egy szubtéri kommunikációs hálózaton keresztül végzik a flotta irányítást. A Domínium elleni háborúban a Breenek majdnem teljesen elpusztították a épületkomplexumot.
Csillagflotta Akadémia: A flotta tisztikarának utánpótlását ellátó, 4 éves iskolai rendszerű képzést végrehajtó intézet.
Csillagflotta Hírszerzése: Feladata a Föderáción kívül élő idegen létreformákról mindenféle információ megszerzése, analizálása.
Csillagflotta Biztonsági Részlege: Egy hajó, vagy állomás biztonságáért felelősek.
Csillagflotta Taktikai Részlege: Új típusú fegyverek kifejlesztése az elsődleges feladatuk.
Csillagflotta Kutató és Fejlesztő Részlege: Új típusú technológiák fejlesztése a fő feladatuk.
Csillagflotta Orvosi Részlege: A tisztek orvosi ellátását biztosítják, de különböző területeken is végeznek kutatásokat.
Csillagflotta Hadbírósága: A flotta, vagy az akadémia kötelékében elkövetett fegyelmi vétségeket kivizsgáló, tárgyaló és ítélő szervezet.